Cet autel est dédié à Sainte Marguerite, patronne de l'église dès le XIIème siècle. Il est orné de trois médaillons représentant l'un le roi de France, le second Sainte Marguerite et le dernier un paysan.

En 1861, l'évêque de Bruges offre à la paroisse une relique de Sainte Marguerite depuis disparue. De nombreux pèlerins s'y rendent, et en 1869 une confrérie est fondée.

En 1971, lors de la restauration de l'église, sont déposés plus de 200 ex-voto offerts à la sainte en remerciement. Avant la Révolution, le maître-autel devait être dédié à Sainte Marguerite, les autels secondaires l'étant à Notre-Dame de Délivrance et à Saint Nicolas.